当时，刚兴起宫中练兵，挑选了二千多名宫中小臣和奴仆集中训练，拨发三千匹太仆寺的马给他们，张学颜坚持不给马匹，又奏请停止宫中练兵，神宗都不听。皇帝的御车由山陵返回，张学颜上奏说：“皇上恭奉圣母，驾车前往，在陵园拜祭，占卜寿命，六军的十多万将士，全部一齐肃立。只有宫中练兵的随从军士，举止放纵。起初到达凉水河，喧哗争吵毫无纪律，奔跑冲撞，使天颜变色。现在御车已经返回，队伍仍未解散。谨稽查旧制，营军随御驾到郊外祭祀，开始由内库提供装备，事情完了就归还。宫中只有随从的内侍首领允许佩戴弓矢。又有律法：不是素来护卫的军士，手持片刃进入宫殿门，绞杀；进入皇城门，发配戍边。祖宗防范弭乱的考虑很深远。现在皇城内身披铠甲乘马持利刃的人，科道不能纠察，兵部不能检查。又召集小厮、仆隶，出入禁宫，万一骤然产生邪念，结党谋乱，在宫内哗变但宫外的臣子不敢入内，在夜晚哗变则宫外的兵丁不知道，在都城白天哗变则称天子的亲兵，驱逐也不肯离散，追捕他们又不敢触犯。正德年间，西城练兵的事，可以很好地借鉴。”奏疏呈上，宦官都切齿痛恨，就制造流言蜚语地加以中伤。神宗觉察后，也追查这篇上书的主使人，张学颜得以幸免，然而他的意见也不被接受。

    考绩期满，加封为太子少保，云南的岳凤、罕虔被平定，他升任太子太保。当时，张居正已死，朝廷的议论很不相同，御史刘台因为弹劾张居正被治罪，张学颜又抨击他贪污。御史冯景隆抨击李成梁粉饰功绩，张学颜赶紧称李成梁的十次胜利不是虚妄的事，冯景隆被贬职。张学颜以前受张居正厚爱，与李成梁共事很久，众议都认为张学颜与张居正、李成梁结党。

    御史孙继先、曾乾亨，给事中黄道瞻接连上奏抨击张学颜，张学颜上书辩解请求离职，又奏请留用黄道瞻，皇帝不听。第二年，顺天府通判周弘袍又抨击张学颜与太监张鲸勾结，神宗将他们都罢黜且逐出京城，张学颜八次上奏请求退休，皇帝允许他辞官离去，后死于家中，封赠为少保。