主角被赛文带回光之国，在和赛罗的切磋中获胜，接着去宇宙巡逻，遇到了异常，降临地球，这里是高斯世界。

    主角被小武藏发现，并带回家，接着又遇到一样误入这个宇宙的巴尔吉星人。

    武藏唤醒了高斯，巴尔坦星人和高斯展开对战，巴尔坦星人战败自爆，主角变成雷欧将其复活，并劝其在宇宙中寻找新的家乡。

    主角解锁雷欧和迪迦的能量，回归光之国，随后前往地球，途中追击百慕拉，进入时空波动，到了梦比优斯世界。

    主角自称是天谷一辉，是木之美的哥哥，接着加入guYs，在地球上只能变身成卡利欧。

    剑被黑暗气息感染，直接暴走，斩杀博伽茹，接着和梦比优斯交手。

    主角变身卡利欧，和相原龙一起融合，联手梦比优斯一起对抗剑，觉醒了新的形态，并且将剑从铠甲中解救出来。

    主角暂时离开guYs，在神户见到了奥特兄弟，系统升级完成，多了个储存空间。

    主角离开地球，在宇宙中进行修行，几个月后回归地球。

    主角成为神宫寺彩的助手，接着宇宙人出现，并唤醒了被封印的亚波人怨念，终极超兽萨乌鲁斯登场。

    奥特兄弟登场，主角进入超频状态，与亚波人激斗，随后佐菲和泰罗登场，给予众人能量，众人联手消灭了亚波人。

    主角发现异常气息，进行时空穿梭，进入赛文奥特曼X时空，身份是特工X。

    主角开始一边做任务，一边调查，接着虫出现了，主角陷入虫海，最后超频释放光线，将其消灭。

    扎基出现，主角再次进入超频，释放全部能量，暂时击退扎基，随后进入遗迹。

    主角进入奈克瑟斯世界，身份是孤门一辉，这次是类似于一心同体，进化仪没有反应，相关记忆被抹除了。

    主角开局做了体检，接着被调入TLT，加入夜袭队，并接触到异生兽以及奈克瑟斯。

    主角接触到石之翼，看到了一些准的记忆，并且使得进化仪慢慢恢复。

    黑暗的游戏开始，主角或者说孤门陷入一场阴谋，莉子失踪，最后主角找到并将重伤的莉子收到系统空间。

    主角身份暴露，离开了夜袭队，随后战斗中为了保护他人，导致昏迷后被抓。

    主角吸收了大量能量，逃出了实验室，接着到达了临终之地，准将光传承给主角，主角变身奈克瑟斯，击败了沟吕木。

    主角离开了孤门的身体，前往一个平行世界，遇到了扎基，于是主角再次变成奈克瑟斯，与扎基交手。

    主角进入超频，导致身体承受不住，关键时候奇迹出现。

    主角进化成诺亚，和扎基战斗，最后将其消灭，吞噬了黑暗力量。

    主角回归了最初的世界，和步美一起待了一段时间，随后继续前往新的时空，到达奥特曼八兄弟剧场版世界。

    主角告诉大古真相，并融入这个世界，梦比优斯并没有出现，主角只能独自战斗。

    主角体内黑暗暴动，和怪兽战斗结束后，被希波利特星人变成石像。

    大古重新变成迪迦，接着梦比优斯被传送过来，主角吸收了影法师，配合八位奥特曼消灭了怪兽。

    主角又回到梦比优斯世界，见到了奥特之王并接受了特训。

    特训一段时间后，感觉安培拉星人的气息，主角结束了特训，奥特之王赠送格斗气息给主角。

    主角击杀了两位黑暗天王，接着与安培拉星人交手，主角落败后，黑暗力量浮现，导致直接失控变成黑暗卡利欧，吸收了大量安培拉星人的黑暗。

    主角又去戴拿时空，在星光战士剧场版剧情里变成迪迦，和戴拿一起消灭怪兽。

    主角去道场帮忙，收徒古雷格尔，随后调查黑暗道场，未知的敌人出现，卡欧斯戴拿也出现了。

    小舞决定结婚，主角参加婚礼，卡欧斯戴拿出现，主角进行战斗，最后小舞被抓走。

    主角前往高斯世界，和武藏再次重逢，并和被控制的日冕高斯交手，随后主角战败。

    高斯将光赠与主角，主角和武藏一起变成月神高斯，接着发现小舞融合了日冕高斯，并与主角交手数次。

    卡欧斯病毒吞噬了日冕，内山操控了高斯，卡欧斯融合体出现，主角和武藏竭尽全力战斗，获得新的力量，可以变成日冕高斯。

    主角与卡欧斯融合体战斗，日蚀形态登场，最终主角消灭了内山，救下了小舞，不过小舞却失去了记忆。

    斯菲亚母体出现，主角回到戴拿时空，接着和神秘的黑衣人出现，并变成戴拿和主角交手。

    黑衣人再次融合了高斯和卡欧斯的能量，变成一个新的巨人，接着双方进入到斯菲亚中心，主角将飞鸟送出黑洞，随后和巨人掉入扭曲的时空隧道。

    主角到达盖亚时空，不过这次是剧场版的世界，而且变成