对59例egfr突变的晚期nsclc患者的肿瘤活检标本进行了检测，这些患者以前在1g/2gtki上经历过pd。在38例(63%)患者中检测到egfrt790m。1g/2gtki的中位ttp为10.3个月(范围为1.3-75.8个月)，t790m?组和t790m+组分别为7.4月和13.6个月(hr，1.64;95%ci，0.95-2.83;p=0.07;补充图s5)。在t790m+和t790m?组之间，之前接受治疗的情况没有差异，包括作为最后线治疗的egfrtki(65.8%vs.61.9%，p=0.76)、以前使用过化疗(76%vs.66%，p=0.75，wilcoxon检验)，或化疗暴露的持续时间(平均215天vs.175天，p=0.75)。与以前的报告一致，显微镜下的组织学转化是罕见的，一例鳞状转化(a450)和另一例混合腺癌小细胞组织学(a092)在基线和耐药后都观察到了。

    t790m+和t790m?疾病状态的基因组图谱

    我们首先评估了我们队列中的体细胞基因组改变（除egfrt790m外）与38例晚期egfr突变非小细胞肺癌患者的治疗初期队列（wes数据）的患病率差异。tp53snv改变在tki耐药人群（63%）中比治疗初期人群（45%）更为普遍。此外，我们检测到与治疗初期肿瘤相比，治疗耐药肿瘤中tert和编码于14q22的三个基因（ptgdr、sav1和sos2）的基因组扩增率总体较低。接下来，通过比较t790m+和t790m?，我们试图确定先前报道的并确定潜在的新的治疗可处理耐药机制?抗tki的样品。5例（8%）患者出现met改变，主要发生在t790m?患者队列。在一名患者（a056）中，检测到导致met外显子14跳跃（metex14）的剪接位点缺失，外显子14处的转录缺失通过rnaseq数据验证。该患者还表现出染色体臂7p缺失（egfr突变缺失）和12q扩增（包含mdm2和cdk4，通常用metex14扩增）。同样，我们没有在另一名t790m?患者中检测到原发性外显子19缺失/l858r突变（a058），表明失去激活egfr突变是获得性耐药真正罕见的机制。pik3ca突变（n=10，17%）和her2扩增（n=4，7%）是常见的，但基于t790m状态没有差异（分别为p=0.69和p=0.54），尽管耐药肿瘤中pik3ca改变的频率（17%）总体上高于晚期治疗未经egfr突变肿瘤的患者（5%，p=0.09）。在pik3ca突变中，值得注意的是，大多数是克隆的（n=5/7），并且由clinvar注释为可能致病的（n=6/7）综上所述，这表明pi3k信号在介导tki抵抗中的作用独立于t790m状态。鉴于keap1和nfe2l2共突变在产生治疗抵抗中的潜在作用。然而，我们没有在队列中检测到任何nfe2l2突变，我们只在t790m+肿瘤（a449）中检测到一个keap1突变。

    tp53改变是在大约一半的egfr突变的肿瘤中发现的早期克隆事件。与t790m+患者相比，t790m?患者tp53基因突变显著丰富(86%vs.50%，p=0.01)，其中大部分(n=36/37，97%)为早期克隆事件(n=36/37，97%)，与t790m+患者相比差异有显著性(p=0.01)。此外，mdm2和yeats4扩增在t790m+患者中更为常见，且与tp53突变互斥(p=0.004)。这两个基因位于同一染色体位置，负调控tp53。正如我们和其他人以前报道的，已知的癌症驱动基因突变的数量越多，多变量分析的ttp越短(hr，1.41；95%ci，1.09-1.81；p=0.008；补充图s8a)。特别是，并发的rb1/tp53改变(n=5)与t790m状态无关的ttp密切相关，与最近的一份报告一致。

    拷贝数分析发现，wgd是常见的，与治疗初期egfr突变肿瘤中观察到的比率(88%vs.89%)相当。然而，在7名(12%)没有wgd的患者中，所有人都是t790m+(嵌入图像测试，p=0.04)，并且有egfr外显子19的缺失，这表明wgd的缺失预示着t790m+耐药疾病的出现。在t790m+和t790m?肿瘤之间，基因组不稳定指数(gii；中位数分别为52%和55%)没有差异，也没有发现tp53共突变与gii增加相关。t790m?患者的肿瘤突变负荷高于t790m+患者(tmb中位数为2.36vs.1.66个突变/mb，p=0.02，图1c；补充图1c、s9a)，可能是由于t790m?队列中的吸烟者数量较多

    接下来，我们检查了t790m?患者3q23(包含pik3cb、mras和foxl2等基因)和t790m+患者14q21(包含foxa1和nkx2-1)与t